第二临床医学院定位于广东医科大学东莞校区，设有2个系、23个教研室、1个临床技能中心、1个科研平台和1个口腔医学3D打印技术校级重点实验室，主要有口腔医学系、康复医学系、内科学与诊断学教研室、外科学教研室、妇产科学教研室、儿科学教研室、神经病与精神病学教研室、放射与超声诊断学教研室等。临床技能培训中心规模大、设备齐全、特色明显。

学院秉承“立志立德、求真求精”的校训，弘扬“医德与医术相长，人文与医学并重”的专业理念，坚持“临床实践能力培养5年（4年）不断线，人文素质教育5年（4年）不断线，创新创业能力培养5年（4年）不断线”的培养特色，着力培养基础知识扎实、临床实践能力强、人文素养高、具有创新意识的应用型医学人才。

毕业生以良好的人文素质、扎实的理论基础和熟练的临床技能深受用人单位的欢迎，就业率均在95%以上，大部分毕业生在珠三角地区就业。学院学风敦厚，学生考研升学率逐年提升，2023年临床医学专业学生上线率80.23%,录取率61.91%，总体升学率52.20%，部分学生被国内知名“双一流”大学录取。